在员工自己承担住房公积金并从个人工资中扣款的情况下，公司需要按照以下步骤进行账务处理：

1、记录员工住房公积金扣款：在每个月的工资发放过程中，将员工扣款的住房公积金金额记录下来。可以使用工资条或工资单等方式清晰地标明扣除的住房公积金金额。

2、减少应发工资：将员工的应发工资减去扣款的住房公积金金额。确保工资表或工资单上反映出实际发放给员工的工资数额。

3、缴纳住房公积金：将公司自身应缴纳的住房公积金与员工扣款的住房公积金分开计算和处理。公司需要按照相关规定，将公司部分的住房公积金及时缴纳至当地住房公积金管理机构。

4、登记公司缴纳记录：公司需要将每个月的住房公积金缴纳记录进行登记，包括缴纳时间、缴纳金额等信息。这样可以保证公司的缴纳记录完整和准确。

5、税务处理：住房公积金是可以根据相关税法规定进行税前扣除的。公司可以在报税时，根据相关法规享受适当的税务优惠。