合理损耗应该计入外购存货的成本中，但是因为存货的价格中本身已经含了合理损耗，所以不能重复再加一遍。
存货采购过程中的合理损耗是否计入存货成本，主要是看企业的性质，如果是一般工业企业购入存货，则运输途中的合理损耗部分要计入存货的实际采购成本，根据企业存货的具体核算方法不同，具体分为：当企业采用实际成本法核算时，计入“原材料”科目，当企业采用计划成本法核算时，合理损耗部分计入“材料采购”科目，计划成本法下由于“原材料”科目核算的是计划单位成本乘以实际入库数量，所以“原材料”科目中不含合理损耗部分，入库时最终是将合理损耗部分计入了“材料成本差异”科目。
按照新准则，对于商品流通企业购货途中的合理损耗也应计入存货成本，不再计入当期损益。
根据《企业会计准则第1号-存货》第六条 规定，存货的采购成本，包括购买价款、相关税费、运输费、装卸费、保险费以及其他可归属于存货采购成本的费用。
合理损耗的范围是什么？
货物运输与产品制造加工中，因自然原因或说非人为因素的损耗，也就是说在规定的技术和程序下无法避免的损耗，属于合理损耗。
企业采购商品发生的运输途中的合理损耗需要计入存货的总成本当中。所谓合理损耗即正常损耗，指标的物正常磨损、挥发、氧化。
“合理损耗”包括原材料、产成品等损耗，由于无专门规定，具体损耗量由各个企业根据日常盘点确定，不考虑非正常损耗，同一种存货由于各个企业保管条件不同，合理损耗量也不同，这往往成为偷税企业应对税务人员最佳解释。
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