分公司开出发票，对方打款打到总公司，这种情况最终会出现三角债务关系，所以最好的办法是让总公司将款退回，让对方重新打款到分公司的账上，否则对方账户上也要挂有分公司和总公司的账。
另一可行办法就是出一份三方收款证明，总公司和分公司挂往来账。具体如下：
分公司开票挂客户应收，做
借：应收账款-XX
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税(销项税额)
当客户打款到总公司时，分公司做
借：其他应付款-内部往来
贷：应收账款-XX
总公司做
借：银行存款
贷：其他应收款-内部往来
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借：银行存款
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开发票给分公司，集团总公司汇钱进来这样怎么做账
1、开发票时挂分公司往来账。
2、总公司汇款进来挂总公司往来账。
3、分公司出具一个委托总公司付款证明，你根据这个证明调整总公司往来至分公司平账。
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