税法规定，税收管理是实行属地管理，加上个税法规定，工资个税是实行代扣代缴税款征收方式，所以不管你是总公司还是分公司放工资，只要发放工资和与工资相关收入的，都要代扣工资个税，并在机构所在地税务机关缴税。
因此，总公司发放工资，由总公司代扣个税，在总公司所在地税务缴税，同样，分公司发放工资，由分公司代扣个税，在分公司所在地税务缴税。
分公司和总公司不在同一地方个人所得税在何地缴纳?
根据我国《个人所得税法》第八条 规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义 务人。同时根据《个人所得税代扣代缴暂 行办法》第二条的规定，凡支付个人应纳 税所得的企业(公司)、事业单位、机 关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义 务人。因此，如果总、分公司统一进行财务核算，统一发放工资，其个人所得税应由 总公司在支付环节统一扣缴。
如果分公司财务独立核算，则分公司员工个人所得税由分公司代扣代缴，在分公司所在地税务机关缴纳。
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