自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
那么，企业为部分员工缴纳的补充养老保险可以税前扣除吗？我们需要分情况来看：
如果这里提到的部分员工是“企业高管”，企业仅为部分公司的高级管理人员办理了补充养老保险，就不符合财税〔2009〕27号文件的普惠性政策，相关支出不得在企业所得税税前扣除；如果这里部分员工指的是一般员工，造成只给部分员工缴纳的原因是有一部分员工自愿放弃了，并不是企业区别对待，不是主动不给全体人员缴纳年金，那么此时可以按照政策规定税前扣除。
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