根据《财政部 税务总局关于延长部分税收优惠政策执行期限的公告》(2021年第6号，以下简称财税6号公告)和《财政部 商务部 税务总局关于继续执行研发机构采购设备增值税政策的公告》(2019年第91号，以下简称91号公告)的规定，延长研发机构采购国产设备全额退还增值税政策的执行期限至2023年12月31日。为便于研发机构办理国产设备退税，我们修订发布了《研发机构采购国产设备增值税退税管理办法》(以下简称《办法》)。现解读如下：
一、《办法》执行期限延期的背景是什么?
为鼓励科学研究行业技术开发，国家对研发机构采购国产设备给予了全额退还增值税的政策。
经国务院批准，财政部会同商务部和税务总局发布了91号公告，明确自2019年1月1日至2020年12月31日，继续对研发机构(包括内资研发机构和外资研发中心)采购国产设备全额退还增值税，并规定具体退税管理办法由税务总局会同财政部制定。为落实91号公告，便于研发机构办理采购国产设备退税，经商财政部，税务总局出台了《国家税务总局关于发布<研发机构采购国产设备增值税退税管理办法>的公告》(2020年第6号，以下简称总局6号公告)。2021年3月，经国务院批准，财政部会同我局发布了财税6号公告，明确91号公告的执行期限延长至2023年12月31日。据此，我们修订发布了《办法》，实施期限明确为2021年1月1日至2023年12月31日。
二、研发机构和国产设备的具体范围是什么?
办理增值税退税的研发机构和国产设备的具体范围，按照91号公告第一条、第二条和第四条的规定执行。
三、研发机构如何办理采购国产设备退税备案?
适用采购国产设备退税政策的研发机构，应于首次申报采购国产设备增值税退税时办理退税备案手续。办理手续时需要的相关资料包括研发机构资质证明资料、《出口退(免)税备案表》等。需要提醒的是，《出口退(免)税备案表》内容填写要真实、完整，其中，“企业类型”选择“其他单位”，“出口退(免)税管理类型”依据资质证明材料填写“内资研发机构(简写：内资机构)”或“外资研发中心(简写：外资中心)”，其他栏次按填表说明填写。
同时，为减轻纳税人负担，《办法》下发前已办理采购国产设备退税备案的研发机构，无需再次办理备案。
四、研发机构如何办理采购国产设备退税备案的变更和撤回?
(一)如何办理备案变更。已办理备案的研发机构，《出口退(免)税备案表》中内容发生变更的，须自变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。
(二)如何办理撤回。研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项的，应持相关资料向主管税务机关办理备案撤回。主管税务机关应按规定结清退税款后，办理备案撤回。外资研发中心在退税资格复审前，因自身条件发生变化，已不符合研发机构的条件，应自条件变化之日起30日内办理退税备案撤回。
五、研发机构如何进行采购国产设备退税申报?
研发机构申报采购国产设备退税时，需提交《购进自用货物退税申报表》、采购国产设备合同、增值税专用发票或者增值税普通发票等资料。可办理的退税额，为增值税发票上注明的税额。
其中，为减轻纳税人申报负担，总局在出口退税系统整合工作中，将《购进自用货物退税申报表》样式进行了优化、调整，并已通过《国家税务总局关于优化整合出口退税信息系统更好服务纳税人有关事项的公告》(2021年第15号)明确。因此，研发机构申报退税时，应使用总局公告2021年第15号明确的《购进自用货物退税申报表》，不再使用《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》(2012年第24号)所附的《购进自用货物退税申报表》。
上述增值税发票的具体要求：
1.增值税专用发票。应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。
2.增值税普通发票。为开具时间为2021年1月1日至公告发布之日前的增值税普通发票[不含增值税普通发票(卷票)]。
研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报退税;已用于退税的，不得用于进项税额抵扣。
需要强调的是，由于目前增值税发票综合服务平台已全面上线，因此，《办法》明确，上述允许办理退税的增值税专用发票，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。
六、研发机构办理退税的申报期限规定如何?
研发机构采购国产设备申报期限为采购国产设备之日(以发票开具日期为准)次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。
同时，为持续优化营商环境，更好服务市场主体，避免纳税人因未及时收齐退税凭证而无法申报办理退税，根据《财政部 税务总局关于明确国有农用地出租等增值税政策的公告》(2020年第2号)第四条“纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，未在规定期限内申报出口退(免)税或者开具《代理出口货物证明》的，在收齐退(免)税凭证及相关电子信息后，即可申报办理出口退(免)税”的规定，《办法》明确，若研发机构未能在规定的期限内申报退税，待收齐凭证及信息后，仍可继续申报办理退税。如，某研发机构于2021年12月1日采购了国产设备，相关退税凭证及信息于2022年5月30日收齐，该研发机构可继续申报办理退税。
七、税务机关如何审核办理退税?
属于增值税一般纳税人的研发机构申报采购国产设备退税，主管税务机关经审核符合规定的，应按规定办理退税。
研发机构申报采购国产设备退税，如果属于“审核中发现疑点，经核实仍不能排除疑点”“增值税一般纳税人使用增值税普通发票申报退税”“非增值税一般纳税人申报退税”情形之一的，主管税务机关应采取发函调查或其他方式调查，在确认增值税发票真实，且发票所列设备已由上游按规定申报纳税后，方可办理退税。
八、已退税的国产设备转移或移作他用如何处理?
已办理增值税退税的国产设备，自增值税发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按照规定向主管税务机关补缴已退税款。补缴已退税款按以下方法计算：
应补缴税款=增值税发票上注明的税额×(设备折余价值÷设备原值)
设备折余价值=增值税发票上注明的金额-累计已提折旧
累计已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。
九、如果研发机构发生违法违规，如何处理?
研发机构骗取采购国产设备增值税退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。研发机构涉及重大税收违法失信案件被依法公布信息的，研发机构将停止享受采购国产设备退税政策，并应及时办理退税备案撤回。
十、《办法》的执行期限规定是什么?
《办法》的施行期限为2021年1月1日至2023年12月31日，以增值税发票的开具日期为准。
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