土地增值税的扣除项目有：
可据实扣除的项目：
(1)房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施：
①建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；
②建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；
③建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
(2)房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
(3)房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。
(4)房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
(5)房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
(6)货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
可核定扣除的项目：
前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的。
不可扣除的项目：
(1)除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、开发费用及与转让房地产有关的税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
(2)房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
(3)房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，建筑安装施工企业就质量保证金未对房地产开发企业开具发票的，扣留的质保金，不得扣除。
(4)房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
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